L’attuale assetto dell’area presbiterale mostra alcune criticità. L’altare di origine cinquecentesca, di grandi dimensioni, domina da un piano elevato il resto del recinto, distinto dall’assemblea da un solo gradino e da un ricco disegno pavimentale. Il presbiterio - che occupa un’intera campata della navata centrale, quella individuata dalla cupola, e il coro absidato - è chiuso su tre lati da una balaustra metallica di fattura tardo-ottocentesca o primo-novecentesca. Questa delimitazione agisce come una cesura netta tra lo spazio della celebrazione e quello dell’assemblea.

Ambone e sede del celebrante sono di più recente fattura. Le modeste dimensioni e la posizione dimessa, tuttavia, conferiscono all'ambone un peso gerarchico marginale nell’immagine complessiva del presbiterio. La scelta di orientare la mensa della Parola verso l’assemblea dei fedeli va a scapito della comunità monastica, che risulta di fatto esclusa da questo momento liturgico, o che piuttosto sceglie di celebrarlo su un altro leggio, in posizione baricentrica tra le due ali del coro, escludendo così, viceversa, la comunità dei fedeli.

La sede, invece, pur se tutta rivolta verso l’assemblea, è nascosta alla vista dalla colonna circolare di sostegno del tamburo. Il celebrante è isolato, distante allo stesso modo da comunità di monaci e fedeli.

La disposizione dei fuochi liturgici di progetto, si propone di risolvere queste criticità attraverso delle soluzioni puntuali, ben calibrate, rispettose del contesto antico.

Il progetto liturgico e architettonico della cappella invernale si sviluppa attorno alla straordinaria presenza espressiva e simbolica di un crocifisso quattrocentesco di scuola giottesca - che sarebbe valorizzato, nella disposizione proposta, sia come oggetto d'arte, sia come centro liturgico e devozionale dello spazio sacro.